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銀河共和国軍戦士コスロイドのアニス・ブライトは反共和国軍ゾイドの侵略から独立星系惑星マズ―を救うために解放軍と共に戦い勝利に導く。栄光もつかの間、共和国のマズー植民地計画に利用された事に気づいたアニスは軍を離れ、自由と平和のために傭兵としてゾイドと戦っていた。そんなある日ゾイドとの戦いで重傷を負ったアニスは、ゾイドの捕虜となるが共和国軍との取引でゾイドから救出される事に。かつての上官ファイサルは再びマズーに戻り、ゾイドの襲撃で壊滅状態の開拓者コロニーを奪還して欲しいというのだ。マズーの王子パルナスの協力でゾイド軍の秘密基地に潜入したアニスはゾイド軍を次々と倒すが、パワードスーツのエネルギーが切れ、ナノスーツで戦う事に。そのうえ、戦闘力が低下したアニスの前にゾイドを支配するブレーンゾイドが現れアニスに襲い掛かる。防御力が低いナノスーツのアニスはブレーンゾイドの攻撃で絶体絶命のピンチに…。［HAPPY END］